Nikodem, człowiek z grona faryzeuszy, członek żydowskiej Wysokiej Rady (Sanhedryn), widzi Jezusa jako nauczyciela/proroka posłanego przez Boga, który czyni niezwykłe znaki. Faryzeusze (’oddzieleni’) byli w czasach Jezusa znani ze swojej bardzo ścisłej interpretacji i przestrzegania Prawa Mojżeszowego. Nikodem zaczyna od słów: ’Wiemy…’. Wierzy w Jezusa ze względu na widziane znaki (Ewangelia Jana 2:23). Wydaje mu się, że widzi Królestwo Boże. Jednak jego wiara jest płytka i nietrwała, co wynika z dalszej części rozmowy. Odpowiedź Jezusa pokazuje, że prawdziwe widzenie Królestwa Bożego jest możliwe jedynie wtedy, gdy człowiek „narodzi się na nowo”. Następnie Jezus wyjaśnia, co oznacza to nowe narodzenie.
Słowa Jezusa budzą w Nikodemie jedynie pytania: „Jak to…? Jak mogą…?” Wynika z tego jego niewiedza. Z Pisma Świętego Starego Testamentu mógł się dowiedzieć, co Jezus ma na myśli. Na przykład w Księdze Ezechiela 36:25–27 czytamy: „I pokropię was czystą wodą, i będziecie czyści od wszystkich waszych nieczystości i od wszystkich waszych bałwanów oczyszczę was. I dam wam serce nowe, i ducha nowego dam do waszego wnętrza, i usunę z waszego ciała serce kamienne, a dam wam serce mięsiste. Mojego ducha dam do waszego wnętrza i uczynię, że będziecie postępować według moich przykazań, moich praw będziecie przestrzegać i wykonywać je.”.
Jezus stawia mu więc prowokujące pytanie: „Jesteś nauczycielem w Izraelu, a tego nie wiesz?”
Podobnie jak Nikodem, Jezus używa słów „Wiemy…”. Ma na myśli swoje niebiańskie pochodzenie i to, że mówi w imieniu Boga Ojca. Jezus jest prawdziwym Nauczycielem Izraela.
Następnie mówi o celu swojej misji: Syn Człowieczy (porównaj Księga Daniela 7:13–14) musi zostać wywyższony, jak Mojżesz wywyższył węża miedzianego na pustyni (Księga Liczb 21:9). To wywyższenie odnosi się do Jego ukrzyżowania.
Jezus odpowiada na pytanie Nikodema: Jak się może człowiek narodzić na nowo? – następująco: „Każdy, kto wierzy w Syna Człowieczego (Jezusa), ma życie wieczne”.
Jan 3:16: „Albowiem tak Bóg umiłował świat, że Syna swego jednorodzonego dał, aby każdy, kto weń wierzy, nie zginął, ale miał żywot wieczny.”
Zadaniem człowieka nie jest: narodzić się na nowo, ale: wierzyć w Syna Bożego, Jezusa. Gdy ktoś wierzy, może stwierdzić, że narodził się na nowo, przez Ducha Świętego. „...Albowiem Syn Człowieczy nie przyszedł zatracać dusze ludzkie, ale je zachować. I poszli do innej wioski.” (Ewangelia Łukasza 9:56).
Kto nie wierzy w Jezusa, jest już potępiony z tego powodu (Jan 3:18). Przyczyną niewiary jest to, że ktoś z natury woli ciemność bardziej niż światło. Nie przychodzi do Światła, do Jezusa, aby jego „złe uczynki” nie zostały ujawnione.
W Jana 3:36 Jan konkluduje: „Kto wierzy w Syna, ma żywot wieczny, kto zaś nie słucha Syna, nie ujrzy żywota, lecz gniew Boży ciąży na nim.”
W Jana 7:50–51 Nikodem sprzeciwia się niesprawiedliwemu skazaniu Jezusa bez wysłuchania. A po tym, jak Jezus został „wywyższony” na krzyżu, Nikodem przychodzi, by Go uczcić: „Przyszedł też Nikodem, ten, który poprzednio przybył w nocy do Jezusa, niosąc około stu funtów mieszaniny i mirry i aloesu.” (Ewangelia Jana 19:39).